Будем впервые в Питере со мной девочки 11-12 лет, посоветуйте что можно посмотреть и где остановиться?

Ну, за 2 — 3 дня это посетить нелегко, учитывая, что Петергоф займет целый день (если вы едете летом, весной, до 1 мая не стОит, т.к. еще не будут работать фонтаны). Все остальное вполне возможно. Все — таки, уточните, когда приезжаете.Наверное, будет интересен и Эрмитаж.
Насчет жилья — Вам лучше задать поиск в районе ст.м. Спортивная. Что выскочит и понравится по деньгам — озвучьте, мы прокомментируем. Вот в 2 — х минутах от Юбилейного есть хостел Base Camp.

Эрмитаж, Петропавловская крепость, Летний сад, Русский музей.
В ботанический сад их ещё сводите, в том числе в оранжереи. Ну и в зоопарк до кучи. (Если, конечно, у вас своего нет.)

Ехать же в пригороды, имея всего 2-3 свободных дня в Питере, вряд ли стоит.
Лучше просто погуляйте по историческому центру. (Стрелка Васильевского острова, Дворцовая набережная, Сенатская и Дворцовая площади, ну и так далее.) Или хотя бы обзорную автобусную экскурсию купите.

Пройтись Невскому с заходом в Казанский собор, выйти на Дворцовую площадь, набараежную, всё облазить, налюбоваться на Петропавловку. Посещать сам Эромитаж не столь остро обязательно при таком малом времени. Потом налево, мимо Адмиралтейства в сторону Медного всадника, Сенатской площади и уже там Исакиевский собор, желательно с колонадой. Полдня как минимум.