В 1696 г. Данилов монастырь пожертвовал участок своей земли за Серпуховскими воротами Земляного города для постройки здесь церкви. Деревянный храм во имя Вознесения Господня с приделом 9-ти мучеников Кизических был вскоре выстроен, освящен придел, а главный храм освящен лишь в 1700 г. Каменная церковь строилась на средства царевича Алексея Петровича. Указ на строительство церкви был выдан 12 сентября 1709 г. (по другим источникам — в 1708 г.), в период запрещения каменного строительства в Москве. 9 октября 1714 г. был освящен нижний храм во имя иконы Иерусалимской Божией Матери с приделами 9-ти Мучеников Кизических и Алексия Человека Божия. После казни Царевича Алексия и прекращением поступления средств, строительство было приостановлено.
Верхний храм был возведен до верхних окон и покрыт временной кровлей. Отдельно стоящая колокольня тоже была не достроена. В переходе между колокольней и храмом располагалась лестница на второй ярус, окруженный гульбищем.
В 1730-х гг. прихожане неоднократно подавали прошение о помощи для продолжения строительства, но разрешение на сбор средств было получено ими лишь 18 мая 1756 г.
В июле 1762 г. церковь была окончена и освящена. Барабан храма был первоначально световым. Зодчие, строившие храм, неизвестны. Высказывались предположения об авторстве Д. Трезини, а также участии И. Ф. Мичурина и В. Д. Ухтомского в достройке храма.
Вознесенский храм имел значительную территорию, выходящую на Большую и Малую Серпуховские улицы, а также на переулок впоследствии названным в честь храма Вознесенским.
В 1757 г. рядом с храмом была построена одноэтажная каменная богадельня. Дворы причта, а позднее несколько каменных двухэтажных домов располагались по другую сторону переулка. В 1830-х — 40-х гг. храм подвергся значительным перестройкам. В 1832 г. на средства старосты церкви Ремизова была построена новая двухэтажная трапезная, а над открытой прежде лестницей надстроен переход.
В 1845 г. в новых приделах нижней трапезной, посвященных Николаю Чудотворцу и Сергию Радонежскому, были установлены иконостасы. Два новых верхних яруса в стиле ампир были надстроены над колокольней в 1842 г. В этот период были также заменены кровли, решетки в восьми окнах, исправлен цоколь, сделана новая штукатурка фасадов, заменена столярка, решетка вокруг алтаря верхней церкви, вновь вызолочен крест. Над новыми приделами поставлены купола с крестами.
В церкви неоднократно переписывалась живопись. Сохранившийся живописный слой в стиле позднего классицизма относится к концу ХIХ века.
В 1929 г. храм был закрыт, в 1930 г. разрушена ограда и колокольня, разрушена богадельня и ограда, внутри размещены государственные учреждения. Дома по другую сторону переулка сохранились. Разобрана глава храма, сильно перестроен нижний ярус (расширены окна, пробиты проемы).
На основании решения Совета по делам религий при Совете Министров СССР от 27 сентября 1990 г. протоколом № 15 зарегистрировано религиозное общество верующих Русской православной церкви. Указом Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси от 16 октября 1990 г. настоятелем вновь открывающегося Вознесенского храма на Б. Серпуховской, д. 24 назначается насельник Свято-Данилова монастыря Архимандрит Савва (Волков Сергей Александрович).
Устав православного прихода (религиозного общества) церкви Вознесения Господня за Серпуховскими воротами принят решением Приходского собрания 30 октября 1990 г. и утвержден Патриархом Московским и Всея Руси 12 марта 1991 г.
25 апреля 1991 г. выданы долгосрочные Ордера на получение зданий по адресу Большая Серпуховская улица, д.д. 22/21, 24/21.13 мая 1991 г. получено Разрешение на производство ремонтно-реставрационных работ по памятнику истории и культуры.
1 февраля 1995 года из канцелярии Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси получена резолюция с благословением на освящение камня по закладке колокольни.
5 декабря 1994 г вышло Распоряжение «Об утверждении акта госкомиссии по приемке в эксплуатацию приюта для детей на территории храма Вознесения Господня», а 15 декабря 1994 г. было выдано Свидетельство о регистрации Православного детского Дома-приюта при Храме Вознесения Господня.
