Самый древний храм в Новгороде и один из самых ранних на Руси во имя св. мучеников Бориса и Глеба был поставлен еще в 1146 г. в «граде» на месте, где стоял деревянный Софийский храм «о 13 верхах».
Первоначальную деревянную церковь в 1167 г. сменили на каменную и в 1171 г. освятили. Летописец отмечает, что храм был «гораздо бо бяше и лепа». Церковь много раз горела, рушилась и перестраивалась. В 1405 г. во время пожара она «вся выгоре», а в 1411 г. архиепископ Евфимий поставил новую церковь Бориса и Глеба на старой основе. Окончательно храм разрушился и был разобран во второй половине XVII века. Сейчас на этом месте в Кремле стоит церковь Андрея Стратилата. До наших дней сохранилась только церковь Бориса и Глеба в Плотниках. История этого храма прослеживается по летописям, описанию новгородских древностей архимандрита Макария и дополняется современными исследованиями.
Первоначальное упоминание о каменном одноглавом храме Бориса и Глеба относится к 1377 г. Храм неоднократно подвергался пожарам, а после последнего (1521 г.) пришел в ветхость и был разобран. В 1536 г. силами двух улиц, Запольской и Конюховой, «всем приходом тое церкви, московскими гостьми и новгородскими и всем народом православных людей» началось строительство нового каменного пятиглавого храма с двумя приделами «на полатех» — св. Николая Чудотворца и св. Владимира. За пять месяцев церковь была построена, а в 1537 г. освящена. Храм строили тридцать человек, из них «20 человек больших мастеров». Тогда же был сооружен притвор.
В XVI веке церковь считалась соборной, а по актам XVII в. — ружною. На день Бориса и Глеба (24 июля) в XVII веке в Борисоглебской церкви положена была архиерейская служба, состоявшая из молебна и литургии. В 1715 г. храм пострадал от молнии, о чем была сделана надпись на старинной большой иконе Вседержателя при ее возобновлении: «…стрела громовая и молния опали святыя образа, престол и ризы, пророки и апостолы и праздничные в разных местах попалило…».
Собор хорошо сохранил первоначальные архитектурные формы. Он представляет собой четырехстолпную кубическую постройку с одной полукруглой апсидой и пониженным западным притвором, завершенную пятью главами. Четыре из глав глухие, а центральная — световая. Фасады разделены лопатками на три прясла. Плановое решение основного объема типично для новгородской архитектуры республиканского времени. И это не случайно — ведь собор XVI века возводился на основании XIV века. То, что в его строительстве участвовали 20 больших новгородских мастеров, предопределило архаичность архитектурного облика и приверженность к старым новгородским традициям. Новые архитектурные веяния проявились в пятиглавии, устройстве подклета, многощипцовом завершении фасадов, фризах из пятиугольных ниш, опоясывающих барабаны глав и карниз апсиды.
Церковь Бориса и Глеба — двухэтажная с одной алтарной апсидой и пристройкой с западной стороны. Пристройка (древний притвор) — двухэтажная с двумя поздними приделами: северный — во имя Покрова Пресвятой Богородицы, южный — св. Николая Чудотворца. Лестница на хоры, устроенная в толще западной стены церкви, вела в придел св. Владимира. Позже (вероятно, во второй половине XVIII в.) она была заложена. Южный придел св. Николая Чудотворца перенесен в западный притвор, а придел св. Владимира в подцерковье. Тогда же впервые упоминается Покровский придел в северной части притвора.
Из иконостаса Борисоглебской церкви сохранились некоторые иконы, хранящиеся ныне в Новгородском музее:
1) храмовая Бориса и Глеба «на конях» — ок. 1377 г.
2) Благовещение с Феодором Тироном — XIV в.
3) Св. Никола с житием — конец XIV — нач. XV в.
4) Страшный суд — середина XVI в.
К началу XX века Борисоглебская церковь пришла в запустение. По донесению новгородского архиепископа Гурия в Св. Синод (1907 г.) она была одной из «беднейших церквей в империи».
После 1907 года церковь была отремонтирована. Во время ремонтных работ архитектором В. В. Сусловым впервые были сделаны обмеры храма XVI века.
В 1950 годы проводились реставрационные работы на Основном объеме под руководством 3. И. Васильевой. В 1960-е годы исследованиями и реставрацией притвора XVI века занималась Т. В. Гладенко, а в начале 1980-х годов работы (главным образом в интерьере) продолжил В. А. Попов.
В апреле 1933 года церковь Бориса и Глеба была закрыта. В 1992 году она передана Новгородской епархии и 6 августа того же года освящена.
