Благословение на строительство храма было получено 28 февраля 1997 г. Был создан попечительский совет во главе с губернатором Еврейской автономной области Н. М. Волковым. Проект храма разработан ООО «Управление проектных работ» ЕАО (начальник В. К. Пуренков, главный инженер А. К. Какорин). Строительство храма осуществляло ОАО «Биробиджанстрой» (генеральный директор Д. Ю. Косвинцев).
Община прихода образована и зарегистрирована 8 июня 1999 г. Первый, построенный в области по православным канонам деревянный храм с колокольней, был освящен епископом Хабаровским и Приамурским Марком 19 декабря 1999 г., в день престольного праздника. Акт государственной приемочной комиссии подписан 20 декабря 1999 г. До завершения строительства в Биробиджане Благовещенского кафедрального собора в сентябре 2005 г. храм сделался кафедральным собором Биробиджанский епархии.
Святыни Никольского храма:
Ковчег с 18 частицами мощей святых Угодников Божиих (Свт. Филиппа Митр. Московского; свт. Димитрия Ростовского; свт. Игнатия Ростовского; свт. Иннокентия Иркутского; свщмч. Фаддея Тверского; свщисп. Сергия Серебрянского; прп. Аврамия Ростовского; прп. Макария Калязинского; прп. Даниила Переславского; прпмч. Афонских Евфимия, Игнатия и Акакия; благ. кн. Александра Невского; благ. кн. Давида и Константина Ярославских; благ кн. Анны Кашинской; прав. воина Феодора Ушакова; блаж. Матроны Московской) (принесен 03.03.2003 г.)
Икона святителя Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского с частицей его мощей (дар митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия 22.09.2005 г.).
